この地は以前尼崎藩領であったため藩公が厚く信仰せられ 寛延の石灯籠は尼崎藩主の奉納になったものと伝えている。明治維新ごろまでは神社の附近は山手まで一面田園に過ぎず 神社はその中に西国街道に添うて 丘を負い うっそうと繁った森をなし遠方からもよく望めて目標となっていた。

そのころ神社の前にはアヤメを植え 花時には旅人の憩いの場所となり 西には須磨の前田邸のカキツバタが有名で 道中の雲助歌にも「咲いてしおれてまた咲く花は、須磨の前田のかきつばた」とうたわれていたのに対して 東の三宮神社のアヤメも近在だけでなく遠来の旅人にも親しまれていた。神社の境内には 古くから清水のこんこんと湧き出る井戸があって神戸の港へ出入りの船は 必ず神社へ参拝してこの水を汲み取って航海中の飲料水として用いるので大切がられていた。

どこでも古くからの船着場には良水があることが条件となっていたがここもその１つであった。当社の神官は代々世襲であるが 現在の宮司の姓が清水氏であるのも 先祖がこの井戸の清水から命名されたのである。慶応３年１２月７日（1868年1月1日）神社前の神戸の浦が開港され 居留地が設定されることになって その工事用に神社附近の丘を削って 土を運ぶなどして昔の景観を失い 明治１８年までは まだ数株の老松が残っていたが 次第に周辺はひらけ おいおい人家や商家が建ち並び ついには今日見るように異常な発展を遂げることになり 三宮の名は駅名や官公署や会社、銀行、商店名につけられて全国に知られるようになった。

神社は今次の大東亜戦争による戦禍をうけ またそれに関連する都市計画によって 神域はせばめられるの余儀なきに至った。三方に大道路が通じる位置になったのを機会に境内の整備と本殿、拝殿、社務所の復興造営を 竟へ面目を一新崇高なる唯一の信仰地となる。その後 平成７年１月１７日未明の阪神淡路大地震の災禍をうけたが さらに復興整備が行われ今日に至る。

境内に祀る末社の三宮稲荷と安高稲荷大明神は古くから霊験あらたかとして信仰され 各地からの信者の参詣を始め 京都大阪方面から子孫代々にわたり 今なお月参りをされる熱心な信者もあって 戦後いち早く篤志家の寄進によって復興されて いよいよ神徳が崇められている。